<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-size:small"><div class="gmail_default"><b>When</b>:    Thursday, August 29th from<b style="background-color:rgb(255,255,0)"> 9</b><b><span style="background-color:rgb(255,255,0)">:00am - 10:00am CT</span></b></div><div class="gmail_default"><div><b><br></b></div><div><b>Where</b>:   Talk will be given <b><font color="#0000ff">live, in-person</font></b> at<br>               TTIC, 6045 S. Kenwood Avenue<br>               5th Floor, <b><u><font color="#000000">Room 530</font></u></b></div><div><br><b>Virtually</b>: via <a href="https://uchicagogroup.zoom.us/j/91558909586?pwd=naSjIsRrL2Gj4ksOL0i3ZAa3miUjab.1" target="_blank"><b>Zoom</b></a> <br></div><div>                 </div><div><b>Who:  </b>    Ben Lai, TTIC</div><div><br></div></div><div class="gmail_default"><div style="border-top:none;border-right:none;border-left:none;border-bottom:2.25pt solid rgb(11,118,159);padding:0in 0in 1pt"></div><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 8pt;font-size:11pt;text-align:justify;line-height:15.6933px;font-family:Aptos,sans-serif"><b style="font-size:small;font-family:Arial,Helvetica,sans-serif"><br></b></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 8pt;font-size:11pt;text-align:justify;line-height:15.6933px;font-family:Aptos,sans-serif"><b style="font-size:small;font-family:Arial,Helvetica,sans-serif">Title:</b><span style="font-size:small;font-family:Arial,Helvetica,sans-serif"> Leveraging deep generative model for computational protein design and optimization</span><br></p><div><b>Abstract: </b>Recent advancements in deep learning have significantly improved in silico protein modeling. While these developments are promising, there still lacks a comprehensive computational framework for protein design. Such a framework would aim to address a broad spectrum of design challenges. I will introduce a novel generative model for protein structures, and an iterative design framework for computational protein engineering. Applications demonstrate success in challenging protein design problems such as de novo fold generation, functional protein optimization, motif scaffolding, and antibody design within a flexible, machine-driven approach.<br></div><div><br></div><div><div class="gmail_default"><b>Thesis Committee:</b> Jinbo Xu (Thesis Advisor), Avrim Blum, Aly Khan</div></div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default"><br></div></div></div><div><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:x-small">Mary C. Marre</span><br></div><div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="1">Faculty Administrative Support</font></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6" size="1"><b>Toyota Technological Institute</b></font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6" size="1">6045 S. Kenwood Avenue, Rm 517</font></i></div><div><font size="1"><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">Chicago, IL  60637</font></i><br></font></div><div><font size="1"><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">773-834-1757</font></i></font></div><div><b><i><a href="mailto:mmarre@ttic.edu" target="_blank"><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="1">mmarre@ttic.edu</font></a></i></b></div></div></div></div></div><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Aug 28, 2024 at 3:15 PM Mary Marre <<a href="mailto:mmarre@ttic.edu">mmarre@ttic.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div style="font-size:small"><div><b>When</b>:    Thursday, August 29th from<b style="background-color:rgb(255,255,0)"> 9</b><b><span style="background-color:rgb(255,255,0)">:00am - 10:00am CT</span></b></div><div><div><b><br></b></div><div><b>Where</b>:   Talk will be given <b><font color="#0000ff">live, in-person</font></b> at<br>               TTIC, 6045 S. Kenwood Avenue<br>               5th Floor, <b><u><font color="#000000">Room 530</font></u></b></div><div><br><b>Virtually</b>: via <a href="https://uchicagogroup.zoom.us/j/91558909586?pwd=naSjIsRrL2Gj4ksOL0i3ZAa3miUjab.1" target="_blank"><b>Zoom</b></a> <br></div><div>                 </div><div><b>Who:  </b>    Ben Lai, TTIC</div><div><br></div></div><div><div style="border-top:none;border-right:none;border-left:none;border-bottom:2.25pt solid rgb(11,118,159);padding:0in 0in 1pt"></div><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 8pt;font-size:11pt;text-align:justify;line-height:15.6933px;font-family:Aptos,sans-serif"><b style="font-size:small;font-family:Arial,Helvetica,sans-serif"><br></b></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 8pt;font-size:11pt;text-align:justify;line-height:15.6933px;font-family:Aptos,sans-serif"><b style="font-size:small;font-family:Arial,Helvetica,sans-serif">Title:</b><span style="font-size:small;font-family:Arial,Helvetica,sans-serif"> Leveraging deep generative model for computational protein design and optimization</span><br></p><div><b>Abstract: </b>Recent advancements in deep learning have significantly improved in silico protein modeling. While these developments are promising, there still lacks a comprehensive computational framework for protein design. Such a framework would aim to address a broad spectrum of design challenges. I will introduce a novel generative model for protein structures, and an iterative design framework for computational protein engineering. Applications demonstrate success in challenging protein design problems such as de novo fold generation, functional protein optimization, motif scaffolding, and antibody design within a flexible, machine-driven approach.<br></div><div><br></div><div><div><b>Thesis Committee:</b> Jinbo Xu (Thesis Advisor), Avrim Blum, Aly Khan</div></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div></div><div><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:x-small">Mary C. Marre</span><br></div><div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="1">Faculty Administrative Support</font></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6" size="1"><b>Toyota Technological Institute</b></font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6" size="1">6045 S. Kenwood Avenue, Rm 517</font></i></div><div><font size="1"><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">Chicago, IL  60637</font></i><br></font></div><div><font size="1"><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">773-834-1757</font></i></font></div><div><b><i><a href="mailto:mmarre@ttic.edu" target="_blank"><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="1">mmarre@ttic.edu</font></a></i></b></div></div></div></div></div><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, Aug 27, 2024 at 1:00 PM Mary Marre <<a href="mailto:mmarre@ttic.edu" target="_blank">mmarre@ttic.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div style="font-size:small"><div><b>When</b>:    Thursday, August 29th from<b style="background-color:rgb(255,255,0)"> 9</b><b><span style="background-color:rgb(255,255,0)">:00am - 10:00am CT</span></b></div><div><div><b><br></b></div><div><b>Where</b>:   Talk will be given <b><font color="#0000ff">live, in-person</font></b> at<br>               TTIC, 6045 S. Kenwood Avenue<br>               5th Floor, <b><u><font color="#000000">Room 530</font></u></b></div><div><br><b>Virtually</b>: via <a href="https://uchicagogroup.zoom.us/j/91558909586?pwd=naSjIsRrL2Gj4ksOL0i3ZAa3miUjab.1" target="_blank"><b>Zoom</b></a> <br></div><div>                 </div><div><b>Who:  </b>    Ben Lai, TTIC</div><div><br></div></div><div><div style="border-top:none;border-right:none;border-left:none;border-bottom:2.25pt solid rgb(11,118,159);padding:0in 0in 1pt"></div><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 8pt;font-size:11pt;text-align:justify;line-height:15.6933px;font-family:Aptos,sans-serif"><b style="font-size:small;font-family:Arial,Helvetica,sans-serif"><br></b></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 8pt;font-size:11pt;text-align:justify;line-height:15.6933px;font-family:Aptos,sans-serif"><b style="font-size:small;font-family:Arial,Helvetica,sans-serif">Title:</b><span style="font-size:small;font-family:Arial,Helvetica,sans-serif"> Leveraging deep generative model for computational protein design and optimization</span><br></p><div><b>Abstract: </b>Recent advancements in deep learning have significantly improved in silico protein modeling. While these developments are promising, there still lacks a comprehensive computational framework for protein design. Such a framework would aim to address a broad spectrum of design challenges. I will introduce a novel generative model for protein structures, and an iterative design framework for computational protein engineering. Applications demonstrate success in challenging protein design problems such as de novo fold generation, functional protein optimization, motif scaffolding, and antibody design within a flexible, machine-driven approach.<br></div><div><br></div><div><div><b>Thesis Committee:</b> Jinbo Xu (Thesis Advisor), Avrim Blum, Aly Khan</div></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div></div><div><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:x-small">Mary C. Marre</span><br></div><div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="1">Faculty Administrative Support</font></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6" size="1"><b>Toyota Technological Institute</b></font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6" size="1">6045 S. Kenwood Avenue, Rm 517</font></i></div><div><font size="1"><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">Chicago, IL  60637</font></i><br></font></div><div><font size="1"><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">773-834-1757</font></i></font></div><div><b><i><a href="mailto:mmarre@ttic.edu" target="_blank"><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="1">mmarre@ttic.edu</font></a></i></b></div></div></div></div></div><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Aug 23, 2024 at 11:24 AM Mary Marre <<a href="mailto:mmarre@ttic.edu" target="_blank">mmarre@ttic.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div style="font-size:small"><div><b>When</b>:    Thursday, August 29th from<b style="background-color:rgb(255,255,0)"> 9</b><b><span style="background-color:rgb(255,255,0)">:00am - 10:00am CT</span></b></div><div><div><b><br></b></div><div><b>Where</b>:   Talk will be given <b><font color="#0000ff">live, in-person</font></b> at<br>               TTIC, 6045 S. Kenwood Avenue<br>               5th Floor, <b><u><font color="#000000">Room 530</font></u></b></div><div><br><b>Virtually</b>: via <a href="https://uchicagogroup.zoom.us/j/91558909586?pwd=naSjIsRrL2Gj4ksOL0i3ZAa3miUjab.1" target="_blank"><b>Zoom</b></a> <br></div><div>                 </div><div><b>Who:  </b>    Ben Lai, TTIC</div><div><br></div></div><div><div style="border-top:none;border-right:none;border-left:none;border-bottom:2.25pt solid rgb(11,118,159);padding:0in 0in 1pt"></div><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 8pt;font-size:11pt;text-align:justify;line-height:15.6933px;font-family:Aptos,sans-serif"><b style="font-size:small;font-family:Arial,Helvetica,sans-serif"><br></b></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 8pt;font-size:11pt;text-align:justify;line-height:15.6933px;font-family:Aptos,sans-serif"><b style="font-size:small;font-family:Arial,Helvetica,sans-serif">Title:</b><span style="font-size:small;font-family:Arial,Helvetica,sans-serif"> Leveraging deep generative model for computational protein design and optimization</span><br></p><div><b>Abstract: </b>Recent advancements in deep learning have significantly improved in silico protein modeling. While these developments are promising, there still lacks a comprehensive computational framework for protein design. Such a framework would aim to address a broad spectrum of design challenges. I will introduce a novel generative model for protein structures, and an iterative design framework for computational protein engineering. Applications demonstrate success in challenging protein design problems such as de novo fold generation, functional protein optimization, motif scaffolding, and antibody design within a flexible, machine-driven approach.<br></div><div><br></div><div><div><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><b>Thesis Committee:</b> Jinbo Xu (Thesis Advisor), Avrim Blum, Aly Khan</span><br></div><div><br></div></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div></div><div><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:x-small">Mary C. Marre</span><br></div><div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="1">Faculty Administrative Support</font></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6" size="1"><b>Toyota Technological Institute</b></font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6" size="1">6045 S. Kenwood Avenue, Rm 517</font></i></div><div><font size="1"><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">Chicago, IL  60637</font></i><br></font></div><div><font size="1"><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">773-834-1757</font></i></font></div><div><b><i><a href="mailto:mmarre@ttic.edu" target="_blank"><font face="arial, helvetica, sans-serif" size="1">mmarre@ttic.edu</font></a></i></b></div></div></div></div></div></div>
</blockquote></div></div>
</blockquote></div></div>
</blockquote></div></div>