<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-size:small"><div class="gmail_default"><p style="font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;font-stretch:normal;line-height:normal;color:rgb(80,0,80);margin:0px"><font face="arial, sans-serif" color="#000000"><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit"><b>When:</b>    </font></font><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit">  Wednesday, March 17th at<b> 11:10 am CT</b></font></font><br></font></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;color:rgb(80,0,80);line-height:normal;background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial"><font face="arial, sans-serif" color="#000000"> </font></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;color:rgb(80,0,80);line-height:normal;background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial"><font face="arial, sans-serif"><font style="color:rgb(0,0,0);vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit"><b>Where:</b>     </font></font><font color="#000000">Zoom Virtual Talk (</font><font color="#0000ff"><b><a href="https://uchicagogroup.zoom.us/webinar/register/WN_03lG-UTPT8KjMqd0AL1wtQ" target="_blank">register in advance here</a></b></font><font color="#000000">)</font></font></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;color:rgb(80,0,80);line-height:normal;background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial"><font face="arial, sans-serif" color="#000000"> </font></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;line-height:normal;background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial"><font face="arial, sans-serif" style="color:rgb(80,0,80)"><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit"><b>Who: </b>       </font></font></font><font color="#000000">Ahmed Abbas, The Jackson Laboratory (JAX)</font></p></div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default"><font face="arial, sans-serif"><b>Title:</b>        Integrating Hi-C and FISHdata for Modeling of the 3D Organization of Chromosomes<br><br><b>Abstract:</b> The new advances in various experimental techniques that provide complementary information about the spatial conformations of chromosomes have inspired researchers to develop computational methods to fully exploit the merits of individual data sources and combine them to improve the modeling of chromosome structure. Here we propose GEM-FISH, a method for reconstructing the3D models of chromosomes through systematically integrating both Hi-C and FISHdata with the prior biophysical knowledge of a polymer model. Comprehensive Tests on a set of chromosomes, for which both Hi-C and FISH data are available,demonstrate that GEM-FISH can outperform previous chromosome structure modeling methods and accurately capture the higher order spatial features of chromosome conformations. Moreover, our reconstructed 3D models of chromosomes revealed interesting patterns of spatial distributions of super-enhancers which can provide useful insights into understanding the functional roles of these super-enhancers in gene regulation.<br><br><b>Biography:</b>  Ahmed Abbas is a postdoctoral associate at The Jackson Laboratory for Genomic Medicine. He received his Master's degree in Computer Science from Ain Shams University, Egypt, in 2010. Then, he joined King Abdullah University for Science and Technology (KAUST) as a Ph.D. student and received his Ph.D. degree in 2015. During his Ph.D. study, he worked on developing new methods to solve key open problems in automated NMR protein structure determination. He did his first postdoctoral training at the Institute of Interdisciplinary Information Sciences (IIIS), Tsinghua University. During his training at Tsinghua University, he worked on a project on three-dimensional chromosome modeling through the integration of Hi-C and FISH data and published his work in Nature Communications. He joined The Jackson Laboratory for Genomic Medicine in 2019, and his main research at Jax is on developing computational methods for scATAC-seq data denoising and single-cell data analysis in general.</font><p style="color:rgb(60,64,67);letter-spacing:0.2px;white-space:pre-wrap"><font face="arial, sans-serif"><b style="letter-spacing:0.2px"><br></b></font></p><p style="color:rgb(60,64,67);letter-spacing:0.2px;white-space:pre-wrap"><font face="arial, sans-serif"><b style="letter-spacing:0.2px">Host:</b><span style="letter-spacing:0.2px"> <a href="mailto:j3xu@ttic.edu" target="_blank"><b>Jinbo Xu</b></a></span><br></font></p></div><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div><div><div dir="ltr" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Mary C. Marre</font><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Faculty Administrative Support</font></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6"><b>Toyota Technological Institute</b></font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">6045 S. Kenwood Avenue</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">Room 517</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">Chicago, IL  60637</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif">p:(773) 834-1757</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif">f: (773) 357-6970</font></i></div><div><b><i><a href="mailto:mmarre@ttic.edu" target="_blank"><font face="arial, helvetica, sans-serif">mmarre@ttic.edu</font></a></i></b></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Mar 10, 2021 at 8:31 PM Mary Marre <<a href="mailto:mmarre@ttic.edu" target="_blank">mmarre@ttic.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><p style="font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;font-stretch:normal;line-height:normal;color:rgb(80,0,80);margin:0px"><font face="arial, sans-serif" color="#000000"><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit"><b>When:</b>    </font></font><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit">  Wednesday, March 17th at<b> 11:10 am CT</b></font></font><br></font></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;color:rgb(80,0,80);line-height:normal;background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial"><font face="arial, sans-serif" color="#000000"> </font></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;color:rgb(80,0,80);line-height:normal;background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial"><font face="arial, sans-serif"><font style="color:rgb(0,0,0);vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit"><b>Where:</b>     </font></font><font color="#000000">Zoom Virtual Talk (</font><font color="#0000ff"><b><a href="https://uchicagogroup.zoom.us/webinar/register/WN_03lG-UTPT8KjMqd0AL1wtQ" target="_blank">register in advance here</a></b></font><font color="#000000">)</font></font></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;color:rgb(80,0,80);line-height:normal;background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial"><font face="arial, sans-serif" color="#000000"> </font></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;line-height:normal;background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial"><font face="arial, sans-serif" color="#000000" style="color:rgb(80,0,80)"><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit"><b>Who: </b>       </font></font></font><font color="#000000">Ahmed Abbas, The Jackson Laboratory (JAX)</font></p></div><div><br></div><div><br></div><div><font face="arial, sans-serif"><b>Title:</b>        Integrating Hi-C and FISHdata for Modeling of the 3D Organization of Chromosomes<br><br><b>Abstract:</b> The new advances in various experimental techniques that provide complementary information about the spatial conformations of chromosomes have inspired researchers to develop computational methods to fully exploit the merits of individual data sources and combine them to improve the modeling of chromosome structure. Here we propose GEM-FISH, a method for reconstructing the3D models of chromosomes through systematically integrating both Hi-C and FISHdata with the prior biophysical knowledge of a polymer model. Comprehensive Tests on a set of chromosomes, for which both Hi-C and FISH data are available,demonstrate that GEM-FISH can outperform previous chromosome structure modeling methods and accurately capture the higher order spatial features of chromosome conformations. Moreover, our reconstructed 3D models of chromosomes revealed interesting patterns of spatial distributions of super-enhancers which can provide useful insights into understanding the functional roles of these super-enhancers in gene regulation.<br><br><b>Biography:</b>  Ahmed Abbas is a postdoctoral associate at The Jackson Laboratory for Genomic Medicine. He received his Master's degree in Computer Science from Ain Shams University, Egypt, in 2010. Then, he joined King Abdullah University for Science and Technology (KAUST) as a Ph.D. student and received his Ph.D. degree in 2015. During his Ph.D. study, he worked on developing new methods to solve key open problems in automated NMR protein structure determination. He did his first postdoctoral training at the Institute of Interdisciplinary Information Sciences (IIIS), Tsinghua University. During his training at Tsinghua University, he worked on a project on three-dimensional chromosome modeling through the integration of Hi-C and FISH data and published his work in Nature Communications. He joined The Jackson Laboratory for Genomic Medicine in 2019, and his main research at Jax is on developing computational methods for scATAC-seq data denoising and single-cell data analysis in general.</font><p style="color:rgb(60,64,67);letter-spacing:0.2px;white-space:pre-wrap"><font face="arial, sans-serif"><b style="letter-spacing:0.2px">Host:</b><span style="letter-spacing:0.2px"> <a href="mailto:j3xu@ttic.edu" target="_blank"><b>Jinbo Xu</b></a></span><br></font></p></div><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div dir="ltr"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div dir="ltr"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div dir="ltr"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Mary C. Marre</font><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Faculty Administrative Support</font></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6"><b>Toyota Technological Institute</b></font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">6045 S. Kenwood Avenue</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">Room 517</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">Chicago, IL  60637</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif">p:(773) 834-1757</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif">f: (773) 357-6970</font></i></div><div><b><i><a href="mailto:mmarre@ttic.edu" target="_blank"><font face="arial, helvetica, sans-serif">mmarre@ttic.edu</font></a></i></b></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</blockquote></div></div>