<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-size:small"><div class="gmail_default"><font color="#134f5c" face="georgia, serif" size="4"><b>TTIC <span class="gmail-m_8648974343608769872gmail-m_-2549525831759316499gmail-m_4645642444737212984m_313362707539895620m_5707201597699274603m_-5457714984863114200gmail-il">Colloquium</span></b></font><br></div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default"><div><div><img src="cid:ii_k0d29kjx1" alt="image.png" width="142" height="175" class="gmail-m_8648974343608769872gmail-m_-2549525831759316499gmail-CToWUd gmail-m_8648974343608769872gmail-CToWUd gmail-CToWUd"><br></div></div></div><div class="gmail_default"><div><div><font face="arial, sans-serif"><br></font></div></div></div><div class="gmail_default"><p class="gmail-m_8648974343608769872gmail-m_-2549525831759316499gmail-m_4645642444737212984m_313362707539895620m_5707201597699274603m_-5457714984863114200gmail-m_-4054378802175222545gmail-m_3947158569005651454gmail-m_-6060531980912436720gmail-m_-5698796270993385318m_6700458045820563854gmail-m_427904505759088481gmail-m_496884293731504483gmail-m_4528131826496012784gmail-m_5482748634321315606gmail-m_417349372124497387gmail-m_4614845926281015477gmail-m_6041720643954058195gmail-m_-7670275615116031415gmail-m_-5817829815640557222gmail-m_5987474974647831651gmail-m_-4783362384882292594m_6961031835771836416gmail-m_3149180880964055314gmail-m_5803000941478265060gmail-m_3739772758111120207gmail-m_-4374496420704574181gmail-m_-8232014986225864746gmail-m_2118555233517397122gmail-m_-6347337869693432729gmail-m_9103776001042077600gmail-p1" style="font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;font-stretch:normal;line-height:normal;margin:0px"><font face="arial, sans-serif"><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit"><b>When:</b>    </font></font><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit">  Monday, September 16th at 11:00 am</font></font><br></font></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;line-height:normal;background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial"><font face="arial, sans-serif"> </font></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;line-height:normal;background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial"><font face="arial, sans-serif"><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit"><b>Where:</b>     </font></font><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit">TTIC, 6045 S. Kenwood Avenue, 5th Floor, Room 526</font></font></font></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;line-height:normal;background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial"><font face="arial, sans-serif"> </font></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;line-height:normal;background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial"><font face="arial, sans-serif"><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit"><b>Who: </b>       </font></font>Rick Stevens, </font> Argonne National Laboratory / University of Chicago</p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;line-height:normal;background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial"><font face="arial, sans-serif"> </font></p></div><div class="gmail_default"><p class="gmail-m_8648974343608769872gmail-m_-2549525831759316499gmail-m_4645642444737212984m_313362707539895620m_5707201597699274603m_-5457714984863114200gmail-m_-4054378802175222545gmail-m_3947158569005651454gmail-m_-1597221607886257450m_-5823613242803553233MsoPlainText"><font face="arial, sans-serif"><b>Title: </b>       </font>Deep Learning in Cancer Drug Response Prediction<font face="arial, sans-serif"><br></font></p><p class="gmail-m_8648974343608769872gmail-m_-2549525831759316499gmail-m_4645642444737212984m_313362707539895620m_5707201597699274603m_-5457714984863114200gmail-m_-4054378802175222545gmail-m_3947158569005651454gmail-m_-1597221607886257450m_-5823613242803553233MsoPlainText"><font face="arial, sans-serif"><b>Abstract:</b> Artificial intelligence and machine learning (ML) specifically is having an increasingly significant impact on our lives. Since the early wins in computer vision from deep learning (DL) in the 2010’s, deep neural networks have increasingly been applied to hard problems that have defied previous modeling efforts. This is particularly true in chemistry and drug development where there are dozens of efforts to replace the traditional drug development computational pipelines with machine learning based alternatives. In cancer drug development and predictive oncology there are several cases where DL is beginning to show significant successes. In our work we are applying deep learning to the problem of predicting tumor drug response for both single drugs and drug combinations. We have developed drug response models for cell lines, patient derived xenograft (PDX) models and organdies that are used in preclinical drug development. Due to the limited scale of available PDX data we have focused on transfer learning approaches to generalize response prediction across biological model types. We incorporate uncertainty quantification into our models to enable us to determine the confidence interval of predictions. Our current approaches leverage work on attention, weight sharing between closely related runs for accelerated training and active learning for prioritization of experiments. Our goal is a broad set of models that can be used to screen drugs during early stage drug development as well as predicting tumor response for pre-clinical study design. Results to date include response classifications that achieve >92% balanced classification accuracy on a pan-cancer collection of tumor models and broad collection of drugs. Our work is part of a joint program of investment from the NCI and DOE and is supported in part by the US Exascale Computing Project via the CANDLE project.</font></p><p class="gmail-m_8648974343608769872gmail-m_-2549525831759316499gmail-m_4645642444737212984m_313362707539895620m_5707201597699274603m_-5457714984863114200gmail-m_-4054378802175222545gmail-m_3947158569005651454gmail-m_-1597221607886257450m_-5823613242803553233MsoPlainText"><font face="arial, sans-serif"><b>Biography: </b>Professor Rick Stevens is internationally known for work in high-performance computing, collaboration and visualization technology, and for building computational tools and web infrastructures to support large-scale genome and metagenome analysis for basic science and infectious disease research. A current focus is the national initiatives for Exascale computing and Artificial Intelligence (AI). He is the Associate Laboratory Director at Argonne National Laboratory, and a Professor of Computer Science at the University of Chicago. In addition, he is the principle investigator of the NIH-NIAID funded PATRIC Bioinformatics Resource Center, the Exascale Computing Project (ECP) Exascale Deep Learning and Simulation Enabled Precision Medicine for Cancer project, and the predictive models pilot of the DOE-NCI funded Joint Design of Advanced Computing Solutions for Cancer (JDACS4C) project. Over the past twenty years, he and his colleagues have developed the SEED, RAST, MG-RAST, and ModelSEED genome analysis and bacterial modeling servers that have been used by tens of thousands of users to annotate and analyze more than 250,000 microbial genomes and metagenomic samples.</font></p><p class="gmail-m_8648974343608769872gmail-m_-2549525831759316499gmail-m_4645642444737212984m_313362707539895620m_5707201597699274603m_-5457714984863114200gmail-m_-4054378802175222545gmail-m_3947158569005651454gmail-m_-1597221607886257450m_-5823613242803553233MsoPlainText"><font face="arial, sans-serif"><br></font></p><p class="gmail-m_8648974343608769872gmail-m_-2549525831759316499gmail-m_4645642444737212984m_313362707539895620m_5707201597699274603m_-5457714984863114200gmail-m_-4054378802175222545gmail-m_3947158569005651454gmail-m_-1597221607886257450m_-5823613242803553233MsoPlainText"><font face="arial, sans-serif">Host: <a href="mailto:j3xu@ttic.edu" target="_blank">Jinbo Xu</a></font></p></div></div><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Mary C. Marre</font><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Administrative Assistant</font></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6"><b>Toyota Technological Institute</b></font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">6045 S. Kenwood Avenue</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">Room 517</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">Chicago, IL  60637</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif">p:(773) 834-1757</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif">f: (773) 357-6970</font></i></div><div><b><i><a href="mailto:mmarre@ttic.edu" target="_blank"><font face="arial, helvetica, sans-serif">mmarre@ttic.edu</font></a></i></b></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sun, Sep 15, 2019 at 7:11 PM Mary Marre <<a href="mailto:mmarre@ttic.edu">mmarre@ttic.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div style="font-size:small"><div><font color="#134f5c" face="georgia, serif" size="4"><b>TTIC <span class="gmail-m_8648974343608769872gmail-m_-2549525831759316499gmail-m_4645642444737212984m_313362707539895620m_5707201597699274603m_-5457714984863114200gmail-il">Colloquium</span></b></font><br></div><div><br></div><div><div><div><img src="cid:ii_k0d29kjx1" alt="image.png" width="142" height="175" class="gmail-m_8648974343608769872gmail-m_-2549525831759316499gmail-CToWUd gmail-m_8648974343608769872gmail-CToWUd"><br></div></div></div><div><div><div><font face="arial, sans-serif"><br></font></div></div></div><div><p class="gmail-m_8648974343608769872gmail-m_-2549525831759316499gmail-m_4645642444737212984m_313362707539895620m_5707201597699274603m_-5457714984863114200gmail-m_-4054378802175222545gmail-m_3947158569005651454gmail-m_-6060531980912436720gmail-m_-5698796270993385318m_6700458045820563854gmail-m_427904505759088481gmail-m_496884293731504483gmail-m_4528131826496012784gmail-m_5482748634321315606gmail-m_417349372124497387gmail-m_4614845926281015477gmail-m_6041720643954058195gmail-m_-7670275615116031415gmail-m_-5817829815640557222gmail-m_5987474974647831651gmail-m_-4783362384882292594m_6961031835771836416gmail-m_3149180880964055314gmail-m_5803000941478265060gmail-m_3739772758111120207gmail-m_-4374496420704574181gmail-m_-8232014986225864746gmail-m_2118555233517397122gmail-m_-6347337869693432729gmail-m_9103776001042077600gmail-p1" style="font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;font-stretch:normal;line-height:normal;margin:0px"><font face="arial, sans-serif"><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit"><b>When:</b>    </font></font><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit">  Monday, September 16th at 11:00 am</font></font><br></font></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;line-height:normal;background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial"><font face="arial, sans-serif"> </font></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;line-height:normal;background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial"><font face="arial, sans-serif"><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit"><b>Where:</b>     </font></font><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit">TTIC, 6045 S. Kenwood Avenue, 5th Floor, Room 526</font></font></font></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;line-height:normal;background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial"><font face="arial, sans-serif"> </font></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;line-height:normal;background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial"><font face="arial, sans-serif"><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit"><b>Who: </b>       </font></font>Rick Stevens, </font> Argonne National Laboratory / University of Chicago</p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;line-height:normal;background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial"><font face="arial, sans-serif"> </font></p></div><div><p class="gmail-m_8648974343608769872gmail-m_-2549525831759316499gmail-m_4645642444737212984m_313362707539895620m_5707201597699274603m_-5457714984863114200gmail-m_-4054378802175222545gmail-m_3947158569005651454gmail-m_-1597221607886257450m_-5823613242803553233MsoPlainText"><font face="arial, sans-serif"><b>Title: </b>       </font>Deep Learning in Cancer Drug Response Prediction<font face="arial, sans-serif"><br></font></p><p class="gmail-m_8648974343608769872gmail-m_-2549525831759316499gmail-m_4645642444737212984m_313362707539895620m_5707201597699274603m_-5457714984863114200gmail-m_-4054378802175222545gmail-m_3947158569005651454gmail-m_-1597221607886257450m_-5823613242803553233MsoPlainText"><font face="arial, sans-serif"><b>Abstract:</b> Artificial intelligence and machine learning (ML) specifically is having an increasingly significant impact on our lives. Since the early wins in computer vision from deep learning (DL) in the 2010’s, deep neural networks have increasingly been applied to hard problems that have defied previous modeling efforts. This is particularly true in chemistry and drug development where there are dozens of efforts to replace the traditional drug development computational pipelines with machine learning based alternatives. In cancer drug development and predictive oncology there are several cases where DL is beginning to show significant successes. In our work we are applying deep learning to the problem of predicting tumor drug response for both single drugs and drug combinations. We have developed drug response models for cell lines, patient derived xenograft (PDX) models and organdies that are used in preclinical drug development. Due to the limited scale of available PDX data we have focused on transfer learning approaches to generalize response prediction across biological model types. We incorporate uncertainty quantification into our models to enable us to determine the confidence interval of predictions. Our current approaches leverage work on attention, weight sharing between closely related runs for accelerated training and active learning for prioritization of experiments. Our goal is a broad set of models that can be used to screen drugs during early stage drug development as well as predicting tumor response for pre-clinical study design. Results to date include response classifications that achieve >92% balanced classification accuracy on a pan-cancer collection of tumor models and broad collection of drugs. Our work is part of a joint program of investment from the NCI and DOE and is supported in part by the US Exascale Computing Project via the CANDLE project.</font></p><p class="gmail-m_8648974343608769872gmail-m_-2549525831759316499gmail-m_4645642444737212984m_313362707539895620m_5707201597699274603m_-5457714984863114200gmail-m_-4054378802175222545gmail-m_3947158569005651454gmail-m_-1597221607886257450m_-5823613242803553233MsoPlainText"><font face="arial, sans-serif"><b>Biography: </b>Professor Rick Stevens is internationally known for work in high-performance computing, collaboration and visualization technology, and for building computational tools and web infrastructures to support large-scale genome and metagenome analysis for basic science and infectious disease research. A current focus is the national initiatives for Exascale computing and Artificial Intelligence (AI). He is the Associate Laboratory Director at Argonne National Laboratory, and a Professor of Computer Science at the University of Chicago. In addition, he is the principle investigator of the NIH-NIAID funded PATRIC Bioinformatics Resource Center, the Exascale Computing Project (ECP) Exascale Deep Learning and Simulation Enabled Precision Medicine for Cancer project, and the predictive models pilot of the DOE-NCI funded Joint Design of Advanced Computing Solutions for Cancer (JDACS4C) project. Over the past twenty years, he and his colleagues have developed the SEED, RAST, MG-RAST, and ModelSEED genome analysis and bacterial modeling servers that have been used by tens of thousands of users to annotate and analyze more than 250,000 microbial genomes and metagenomic samples.</font></p><p class="gmail-m_8648974343608769872gmail-m_-2549525831759316499gmail-m_4645642444737212984m_313362707539895620m_5707201597699274603m_-5457714984863114200gmail-m_-4054378802175222545gmail-m_3947158569005651454gmail-m_-1597221607886257450m_-5823613242803553233MsoPlainText"><font face="arial, sans-serif"><br></font></p><p class="gmail-m_8648974343608769872gmail-m_-2549525831759316499gmail-m_4645642444737212984m_313362707539895620m_5707201597699274603m_-5457714984863114200gmail-m_-4054378802175222545gmail-m_3947158569005651454gmail-m_-1597221607886257450m_-5823613242803553233MsoPlainText"><font face="arial, sans-serif">Host: <a href="mailto:j3xu@ttic.edu" target="_blank">Jinbo Xu</a></font></p></div></div><div><div dir="ltr" class="gmail-m_8648974343608769872gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Mary C. Marre</font><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Administrative Assistant</font></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6"><b>Toyota Technological Institute</b></font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">6045 S. Kenwood Avenue</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">Room 517</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">Chicago, IL  60637</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif">p:(773) 834-1757</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif">f: (773) 357-6970</font></i></div><div><b><i><a href="mailto:mmarre@ttic.edu" target="_blank"><font face="arial, helvetica, sans-serif">mmarre@ttic.edu</font></a></i></b></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Sep 11, 2019 at 1:01 PM Mary Marre <<a href="mailto:mmarre@ttic.edu" target="_blank">mmarre@ttic.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div><div style="font-size:small"><font color="#134f5c" face="georgia, serif" size="4"><b>TTIC <span class="gmail-m_8648974343608769872gmail-m_-2549525831759316499gmail-m_4645642444737212984m_313362707539895620m_5707201597699274603m_-5457714984863114200gmail-il">Colloquium</span></b></font><br></div><div style="font-size:small"><br></div><div style="font-size:small"><div><div><img src="cid:ii_k0d29kjx1" alt="image.png" width="142" height="175" class="gmail-m_8648974343608769872gmail-m_-2549525831759316499gmail-CToWUd"><br></div></div></div><div style="font-size:small"><div><div><font face="arial, sans-serif"><br></font></div></div></div><div style="font-size:small"><p class="gmail-m_8648974343608769872gmail-m_-2549525831759316499gmail-m_4645642444737212984m_313362707539895620m_5707201597699274603m_-5457714984863114200gmail-m_-4054378802175222545gmail-m_3947158569005651454gmail-m_-6060531980912436720gmail-m_-5698796270993385318m_6700458045820563854gmail-m_427904505759088481gmail-m_496884293731504483gmail-m_4528131826496012784gmail-m_5482748634321315606gmail-m_417349372124497387gmail-m_4614845926281015477gmail-m_6041720643954058195gmail-m_-7670275615116031415gmail-m_-5817829815640557222gmail-m_5987474974647831651gmail-m_-4783362384882292594m_6961031835771836416gmail-m_3149180880964055314gmail-m_5803000941478265060gmail-m_3739772758111120207gmail-m_-4374496420704574181gmail-m_-8232014986225864746gmail-m_2118555233517397122gmail-m_-6347337869693432729gmail-m_9103776001042077600gmail-p1" style="font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;font-stretch:normal;line-height:normal;margin:0px"><font face="arial, sans-serif"><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit"><b>When:</b>    </font></font><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit">  Monday, September 16th at 11:00 am</font></font><br></font></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;line-height:normal;background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial"><font face="arial, sans-serif"> </font></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;line-height:normal;background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial"><font face="arial, sans-serif"><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit"><b>Where:</b>     </font></font><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit">TTIC, 6045 S. Kenwood Avenue, 5th Floor, Room 526</font></font></font></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;line-height:normal;background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial"><font face="arial, sans-serif"> </font></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;line-height:normal;background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial"><font face="arial, sans-serif"><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit"><b>Who: </b>       </font></font>Rick Stevens, </font>

Argonne National Laboratory / University of Chicago

</p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;line-height:normal;background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial"><font face="arial, sans-serif"> </font></p></div><div><p class="gmail-m_8648974343608769872gmail-m_-2549525831759316499gmail-m_4645642444737212984m_313362707539895620m_5707201597699274603m_-5457714984863114200gmail-m_-4054378802175222545gmail-m_3947158569005651454gmail-m_-1597221607886257450m_-5823613242803553233MsoPlainText" style="font-size:small"><font face="arial, sans-serif"><b>Title: </b>       </font>Deep Learning in Cancer Drug Response Prediction<font face="arial, sans-serif"><br></font></p><p class="gmail-m_8648974343608769872gmail-m_-2549525831759316499gmail-m_4645642444737212984m_313362707539895620m_5707201597699274603m_-5457714984863114200gmail-m_-4054378802175222545gmail-m_3947158569005651454gmail-m_-1597221607886257450m_-5823613242803553233MsoPlainText"><font face="arial, sans-serif"><b>Abstract:</b> Artificial intelligence and machine learning (ML)
specifically is having an increasingly significant impact on our lives. Since the
early wins in computer vision from deep learning (DL) in the 2010’s, deep
neural networks have increasingly been applied to hard problems that have
defied previous modeling efforts. This is particularly true in chemistry and
drug development where there are dozens of efforts to replace the traditional drug
development computational pipelines with machine learning based alternatives.
In cancer drug development and predictive oncology there are several cases
where DL is beginning to show significant successes. In our work we are
applying deep learning to the problem of predicting tumor drug response for
both single drugs and drug combinations. We have developed drug response models
for cell lines, patient derived xenograft (PDX) models and organdies that are
used in preclinical drug development. Due to the limited scale of available PDX
data we have focused on transfer learning approaches to generalize response
prediction across biological model types. We incorporate uncertainty
quantification into our models to enable us to determine the confidence
interval of predictions. Our current approaches leverage work on attention,
weight sharing between closely related runs for accelerated training and active
learning for prioritization of experiments. Our goal is a broad set of models
that can be used to screen drugs during early stage drug development as well as
predicting tumor response for pre-clinical study design. Results to date
include response classifications that achieve >92% balanced classification
accuracy on a pan-cancer collection of tumor models and broad collection of
drugs. Our work is part of a joint program of investment from the NCI and DOE and
is supported in part by the US Exascale Computing Project via the CANDLE
project.</font></p><p class="gmail-m_8648974343608769872gmail-m_-2549525831759316499gmail-m_4645642444737212984m_313362707539895620m_5707201597699274603m_-5457714984863114200gmail-m_-4054378802175222545gmail-m_3947158569005651454gmail-m_-1597221607886257450m_-5823613242803553233MsoPlainText" style="font-size:small"><font face="arial, sans-serif"><b>Biography: </b>Professor Rick Stevens is internationally known for work in high-performance computing, collaboration and visualization technology, and for building computational tools and web infrastructures to support large-scale genome and metagenome analysis for basic science and infectious disease research. A current focus is the national initiatives for Exascale computing and Artificial Intelligence (AI). He is the Associate Laboratory Director at Argonne National Laboratory, and a Professor of Computer Science at the University of Chicago. In addition, he is the principle investigator of the NIH-NIAID funded PATRIC Bioinformatics Resource Center, the Exascale Computing Project (ECP) Exascale Deep Learning and Simulation Enabled Precision Medicine for Cancer project, and the predictive models pilot of the DOE-NCI funded Joint Design of Advanced Computing Solutions for Cancer (JDACS4C) project. Over the past twenty years, he and his colleagues have developed the SEED, RAST, MG-RAST, and ModelSEED genome analysis and bacterial modeling servers that have been used by tens of thousands of users to annotate and analyze more than 250,000 microbial genomes and metagenomic samples.</font></p><p class="gmail-m_8648974343608769872gmail-m_-2549525831759316499gmail-m_4645642444737212984m_313362707539895620m_5707201597699274603m_-5457714984863114200gmail-m_-4054378802175222545gmail-m_3947158569005651454gmail-m_-1597221607886257450m_-5823613242803553233MsoPlainText" style="font-size:small"><font face="arial, sans-serif"><br></font></p><p class="gmail-m_8648974343608769872gmail-m_-2549525831759316499gmail-m_4645642444737212984m_313362707539895620m_5707201597699274603m_-5457714984863114200gmail-m_-4054378802175222545gmail-m_3947158569005651454gmail-m_-1597221607886257450m_-5823613242803553233MsoPlainText" style="font-size:small"><font face="arial, sans-serif">Host: <a href="mailto:j3xu@ttic.edu" target="_blank">Jinbo Xu</a><br></font></p></div></div><div style="font-size:small"><div dir="ltr" class="gmail-m_8648974343608769872gmail-m_-2549525831759316499gmail-m_4645642444737212984m_313362707539895620m_5707201597699274603m_-5457714984863114200gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><br class="gmail-m_8648974343608769872gmail-m_-2549525831759316499gmail-Apple-interchange-newline"></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div><div><div dir="ltr" class="gmail-m_8648974343608769872gmail-m_-2549525831759316499gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Mary C. Marre</font><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Administrative Assistant</font></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6"><b>Toyota Technological Institute</b></font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">6045 S. Kenwood Avenue</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">Room 517</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">Chicago, IL  60637</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif">p:(773) 834-1757</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif">f: (773) 357-6970</font></i></div><div><b><i><a href="mailto:mmarre@ttic.edu" target="_blank"><font face="arial, helvetica, sans-serif">mmarre@ttic.edu</font></a></i></b></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Sep 11, 2019 at 10:38 AM Mary Marre <<a href="mailto:mmarre@ttic.edu" target="_blank">mmarre@ttic.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div style="font-size:small"><font color="#134f5c" face="georgia, serif" size="4"><b>TTIC <span class="gmail-m_8648974343608769872gmail-m_-2549525831759316499gmail-m_4645642444737212984m_313362707539895620m_5707201597699274603m_-5457714984863114200gmail-il">Colloquium</span></b></font><br></div><div style="font-size:small"><br></div><div style="font-size:small"><div><div><img src="cid:ii_k0d29kjx1" alt="image.png" width="142" height="175"><br></div></div></div><div style="font-size:small"><div><div><br></div></div></div><div style="font-size:small"><p class="gmail-m_8648974343608769872gmail-m_-2549525831759316499gmail-m_4645642444737212984m_313362707539895620m_5707201597699274603m_-5457714984863114200gmail-m_-4054378802175222545gmail-m_3947158569005651454gmail-m_-6060531980912436720gmail-m_-5698796270993385318m_6700458045820563854gmail-m_427904505759088481gmail-m_496884293731504483gmail-m_4528131826496012784gmail-m_5482748634321315606gmail-m_417349372124497387gmail-m_4614845926281015477gmail-m_6041720643954058195gmail-m_-7670275615116031415gmail-m_-5817829815640557222gmail-m_5987474974647831651gmail-m_-4783362384882292594m_6961031835771836416gmail-m_3149180880964055314gmail-m_5803000941478265060gmail-m_3739772758111120207gmail-m_-4374496420704574181gmail-m_-8232014986225864746gmail-m_2118555233517397122gmail-m_-6347337869693432729gmail-m_9103776001042077600gmail-p1" style="font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;font-stretch:normal;line-height:normal;margin:0px"><font face="arial, sans-serif"><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit"><b>When:</b>    </font></font><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit">  Monday, September 16th at 11:00 am</font></font><br></font></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;line-height:normal;background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial"><font face="arial, sans-serif"> </font></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;line-height:normal;background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial"><font face="arial, sans-serif"><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit"><b>Where:</b>     </font></font><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit">TTIC, 6045 S. Kenwood Avenue, 5th Floor, Room 526</font></font></font></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;line-height:normal;background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial"><font face="arial, sans-serif"> </font></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;line-height:normal;background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial"><font face="arial, sans-serif"><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit"><b>Who: </b>       </font></font></font>Rick Stevens, University of Chicago / Argonne National Laboratory</p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;line-height:normal;background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial"><font face="arial, sans-serif"> </font></p></div><div><p class="gmail-m_8648974343608769872gmail-m_-2549525831759316499gmail-m_4645642444737212984m_313362707539895620m_5707201597699274603m_-5457714984863114200gmail-m_-4054378802175222545gmail-m_3947158569005651454gmail-m_-1597221607886257450m_-5823613242803553233MsoPlainText" style="font-size:small"><b style="font-family:arial,sans-serif">Title: </b><span style="font-family:arial,sans-serif">     </span>  Deep Learning for Precision Medicine for Cancer<span style="font-family:arial,sans-serif">  </span><br></p><p class="gmail-m_8648974343608769872gmail-m_-2549525831759316499gmail-m_4645642444737212984m_313362707539895620m_5707201597699274603m_-5457714984863114200gmail-m_-4054378802175222545gmail-m_3947158569005651454gmail-m_-1597221607886257450m_-5823613242803553233MsoPlainText" style="font-size:small"><font face="arial, sans-serif"><b>Abstract:</b>  tba</font></p><p class="gmail-m_8648974343608769872gmail-m_-2549525831759316499gmail-m_4645642444737212984m_313362707539895620m_5707201597699274603m_-5457714984863114200gmail-m_-4054378802175222545gmail-m_3947158569005651454gmail-m_-1597221607886257450m_-5823613242803553233MsoPlainText"><b style="font-size:small;font-family:arial,sans-serif">Biography: </b><font face="arial, sans-serif">Professor
Rick Stevens is internationally known for work in high-performance computing, collaboration
and visualization technology, and for building computational tools and web infrastructures
to support large-scale genome and metagenome analysis for basic science and
infectious disease research. A current focus is the national initiatives for
Exascale computing and Artificial Intelligence (AI). He is the Associate
Laboratory Director at Argonne National Laboratory, and a Professor of Computer
Science at the University of Chicago. In addition, he is the principle investigator
of the NIH-NIAID funded PATRIC Bioinformatics Resource Center, the Exascale
Computing Project (ECP) Exascale Deep Learning and Simulation Enabled Precision
Medicine for Cancer project, and the predicitive models pilot of the DOE-NCI funded
Joint Design of Advanced Computing Solutions for Cancer (JDACS4C) project. Over
the past twenty years, he and his colleagues have developed the SEED, RAST, MG-RAST,
and ModelSEED genome analysis and bacterial modeling servers that have been used
by tens of thousands of users to annotate and analyze more than 250,000 microbial
genomes and metagenomic samples.</font></p><p class="gmail-m_8648974343608769872gmail-m_-2549525831759316499gmail-m_4645642444737212984m_313362707539895620m_5707201597699274603m_-5457714984863114200gmail-m_-4054378802175222545gmail-m_3947158569005651454gmail-m_-1597221607886257450m_-5823613242803553233MsoPlainText"><font face="arial, sans-serif"><br></font></p><p class="gmail-m_8648974343608769872gmail-m_-2549525831759316499gmail-m_4645642444737212984m_313362707539895620m_5707201597699274603m_-5457714984863114200gmail-m_-4054378802175222545gmail-m_3947158569005651454gmail-m_-1597221607886257450m_-5823613242803553233MsoPlainText"><span style="font-family:arial,sans-serif">Host: </span><a href="mailto:j3xu@ttic.edu" style="font-family:arial,sans-serif" target="_blank">Jinbo Xu</a><br></p></div></div><div><div dir="ltr" class="gmail-m_8648974343608769872gmail-m_-2549525831759316499gmail-m_4645642444737212984m_313362707539895620m_5707201597699274603m_-5457714984863114200gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div dir="ltr"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div dir="ltr"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div dir="ltr"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Mary C. Marre</font><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Administrative Assistant</font></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6"><b>Toyota Technological Institute</b></font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">6045 S. Kenwood Avenue</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">Room 517</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">Chicago, IL  60637</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif">p:(773) 834-1757</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif">f: (773) 357-6970</font></i></div><div><b><i><a href="mailto:mmarre@ttic.edu" target="_blank"><font face="arial, helvetica, sans-serif">mmarre@ttic.edu</font></a></i></b></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</blockquote></div></div>
</blockquote></div></div>
</blockquote></div></div>