<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-size:small"><div style="line-height:1.38;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt"><span style="font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline"><div class="gmail_default"><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif"><b>When: </b>   Thursday, March 21st <span class="gmail-m_-8540033206273020879gmail-m_-3723170228854223066m_6264176026242749646gmail-m_-1990911872965724707gmail-m_-648026695923463142gmail-m_9092035972284487620gmail-m_3787129533418353062m_8623545428725725323gmail-m_2873882304663502708gmail-m_-3789046984517165451gmail-m_6280573200025755333gmail-m_5159318120685850543gmail-m_1790959466673216095gmail-m_-5333227643664982572m_2625127627517695854m_2683896348608817813gmail-m_7672563966056633266gmail-m_-6461243813863673855gmail-m_-742000311328020925gmail-m_7559459027998801583gmail-m_4801029585485711767gmail-m_8517121454174849988gmail-m_-6691959996525573090gmail-m_1517372298344856049gmail-m_491069367152086750gmail-m_-8327640324523575189gmail-m_2420618808463760418gmail-m_7960197898027616883gmail-m_8692226636264124041gmail-m_2794822896869921223gmail-m_7508998950622620526gmail-m_-7153355664495542534gmail-il">at</span> <b><font size="4" style="background-color:rgb(255,255,0)">2:00 pm</font></b></font></div><div class="gmail_default"><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default" style="font-weight:bold"><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif">Where:<span style="font-weight:400">    </span><span class="gmail-m_-8540033206273020879gmail-m_-3723170228854223066m_6264176026242749646gmail-m_-1990911872965724707gmail-m_-648026695923463142gmail-m_9092035972284487620gmail-m_3787129533418353062m_8623545428725725323gmail-m_2873882304663502708gmail-m_-3789046984517165451gmail-m_6280573200025755333gmail-m_5159318120685850543gmail-m_1790959466673216095gmail-m_-5333227643664982572m_2625127627517695854m_2683896348608817813gmail-m_7672563966056633266gmail-m_-6461243813863673855gmail-m_-742000311328020925gmail-m_7559459027998801583gmail-m_4801029585485711767gmail-m_8517121454174849988gmail-m_-6691959996525573090gmail-m_1517372298344856049gmail-m_491069367152086750gmail-m_-8327640324523575189gmail-m_2420618808463760418gmail-m_7960197898027616883gmail-m_8692226636264124041gmail-m_2794822896869921223gmail-m_7508998950622620526gmail-m_-7153355664495542534gmail-m_8421504075585210435gmail-m_3262824545120381495gmail-m_-1141671822915777344gmail-m_-7219251726624328345gmail-m_-8588148075564318222gmail-m_-8767966813928691312gmail-m_-1542318334608687154gmail-m_5717104778280916634gmail-m_4845490158781220632gmail-m_5124567205141626540gmail-m_3209361100497750746gmail-m_2953668934074478317gmail-m_-3155518689668024534m_9067904842688472155gmail-m_3071693547520408192gmail-il" style="font-weight:400"><span class="gmail-m_-8540033206273020879gmail-m_-3723170228854223066m_6264176026242749646gmail-m_-1990911872965724707gmail-m_-648026695923463142gmail-m_9092035972284487620gmail-m_3787129533418353062m_8623545428725725323gmail-m_2873882304663502708gmail-m_-3789046984517165451gmail-m_6280573200025755333gmail-m_5159318120685850543gmail-m_1790959466673216095gmail-m_-5333227643664982572m_2625127627517695854m_2683896348608817813gmail-m_7672563966056633266gmail-m_-6461243813863673855gmail-m_-742000311328020925gmail-m_7559459027998801583gmail-m_4801029585485711767gmail-m_8517121454174849988gmail-m_-6691959996525573090gmail-m_1517372298344856049gmail-m_491069367152086750gmail-m_-8327640324523575189gmail-m_2420618808463760418gmail-m_7960197898027616883gmail-m_8692226636264124041gmail-m_2794822896869921223gmail-m_7508998950622620526gmail-m_-7153355664495542534gmail-il"><span class="gmail-m_-8540033206273020879gmail-m_-3723170228854223066m_6264176026242749646gmail-m_-1990911872965724707gmail-m_-648026695923463142gmail-m_9092035972284487620gmail-m_3787129533418353062m_8623545428725725323gmail-m_2873882304663502708gmail-m_-3789046984517165451gmail-m_6280573200025755333gmail-m_5159318120685850543gmail-m_1790959466673216095gmail-m_-5333227643664982572m_2625127627517695854m_2683896348608817813gmail-m_7672563966056633266gmail-m_-6461243813863673855gmail-m_-742000311328020925gmail-m_7559459027998801583gmail-m_4801029585485711767gmail-il">TTIC</span></span></span><span style="font-weight:400">, 6045 S Kenwood Avenue, 5th Floor, Room 526</span></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><span style="font-weight:bold;color:rgb(0,0,0)">Who:</span><span style="color:rgb(0,0,0)">       </span><font color="#000000">Kristoffer Sahlin, Pennsylvania State University</font><span style="white-space:pre-wrap"> 
</span></font></span></div><div style="line-height:1.38;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt"><span style="font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap"><b><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></b></span></div><div style="line-height:1.38;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt"><span style="font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><b>Title:</b>       Accelerating biological discovery with scalable and accurate algorithms</font></span></div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font><div style="line-height:1.38;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt"><span style="font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap"><b><font face="arial, helvetica, sans-serif">Abstract:</font></b></span></div><div style="line-height:1.38;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt"><span style="font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap"><font face="arial, helvetica, sans-serif">In our cells, DNA and RNA holds information to answer questions about our evolution, diseases, and traits. We are now able to assay this sequence information at large scale using various high throughput sequencing techniques. The rapid advances in sequencing technologies are allowing molecular biologists to answer yet more complex questions about the information encoded in our cells. However, these technological advances require parallel advances in bioinformatic algorithms. Today, the lack of fast and accurate tools is the bottleneck that stands between raw data and biological discovery. Two ways to reduce the time spent on going from data to answers are to improve runtime or accuracy of bioinformatic algorithms, both of which are best solved through algorithmic design. In this talk, I will outline some of the common bioinformatic problems encountered in biological projects concerned with genome and transcriptome sequence analysis, and I will present my research on algorithms to reduce the computational bottleneck. I will first discuss how a simple model that I designed bridged the gap between speed and accuracy in algorithms for genomic problems such as genome assembly and structural variation detection. I will then continue to describe my recent and ongoing work on transcriptomics, focusing on reconstructing transcripts from long and noisy reads.</font></span></div><div style="line-height:1.38;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt"><span style="font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></span></div><div style="line-height:1.38;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt"><span style="font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Host:<a href="mailto:j3xu@ttic.edu" target="_blank"> Jinbo Xu</a></font></span></div><div style="line-height:1.38;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt"><span style="font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap;font-size:11px"><font face="Arial"><br></font></span></div><br class="gmail-Apple-interchange-newline"></div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div class="gmail_default" style="font-size:small"><br></div><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Mary C. Marre</font><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Administrative Assistant</font></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6"><b>Toyota Technological Institute</b></font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">6045 S. Kenwood Avenue</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">Room 517</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">Chicago, IL  60637</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif">p:(773) 834-1757</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif">f: (773) 357-6970</font></i></div><div><b><i><a href="mailto:mmarre@ttic.edu" target="_blank"><font face="arial, helvetica, sans-serif">mmarre@ttic.edu</font></a></i></b></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sat, Mar 16, 2019 at 1:31 PM Mary Marre <<a href="mailto:mmarre@ttic.edu">mmarre@ttic.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div style="line-height:1.38;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt"><span style="font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline">

<div style="white-space:normal"><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif"><b style="font-size:small">When: </b><span style="font-size:small;font-weight:400">   Thursday, March 21st </span><span class="gmail-m_-8540033206273020879gmail-m_-3723170228854223066m_6264176026242749646gmail-m_-1990911872965724707gmail-m_-648026695923463142gmail-m_9092035972284487620gmail-m_3787129533418353062m_8623545428725725323gmail-m_2873882304663502708gmail-m_-3789046984517165451gmail-m_6280573200025755333gmail-m_5159318120685850543gmail-m_1790959466673216095gmail-m_-5333227643664982572m_2625127627517695854m_2683896348608817813gmail-m_7672563966056633266gmail-m_-6461243813863673855gmail-m_-742000311328020925gmail-m_7559459027998801583gmail-m_4801029585485711767gmail-m_8517121454174849988gmail-m_-6691959996525573090gmail-m_1517372298344856049gmail-m_491069367152086750gmail-m_-8327640324523575189gmail-m_2420618808463760418gmail-m_7960197898027616883gmail-m_8692226636264124041gmail-m_2794822896869921223gmail-m_7508998950622620526gmail-m_-7153355664495542534gmail-il" style="font-size:small;font-weight:400">at</span><span style="font-size:small;font-weight:400"> </span><b><font size="4" style="background-color:rgb(255,255,0)">2:00 pm</font></b></font></div><div style="font-size:small;white-space:normal"><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div style="white-space:normal;font-weight:bold"><font color="#000000" face="arial, helvetica, sans-serif">Where:<span style="font-weight:400">    </span><span class="gmail-m_-8540033206273020879gmail-m_-3723170228854223066m_6264176026242749646gmail-m_-1990911872965724707gmail-m_-648026695923463142gmail-m_9092035972284487620gmail-m_3787129533418353062m_8623545428725725323gmail-m_2873882304663502708gmail-m_-3789046984517165451gmail-m_6280573200025755333gmail-m_5159318120685850543gmail-m_1790959466673216095gmail-m_-5333227643664982572m_2625127627517695854m_2683896348608817813gmail-m_7672563966056633266gmail-m_-6461243813863673855gmail-m_-742000311328020925gmail-m_7559459027998801583gmail-m_4801029585485711767gmail-m_8517121454174849988gmail-m_-6691959996525573090gmail-m_1517372298344856049gmail-m_491069367152086750gmail-m_-8327640324523575189gmail-m_2420618808463760418gmail-m_7960197898027616883gmail-m_8692226636264124041gmail-m_2794822896869921223gmail-m_7508998950622620526gmail-m_-7153355664495542534gmail-m_8421504075585210435gmail-m_3262824545120381495gmail-m_-1141671822915777344gmail-m_-7219251726624328345gmail-m_-8588148075564318222gmail-m_-8767966813928691312gmail-m_-1542318334608687154gmail-m_5717104778280916634gmail-m_4845490158781220632gmail-m_5124567205141626540gmail-m_3209361100497750746gmail-m_2953668934074478317gmail-m_-3155518689668024534m_9067904842688472155gmail-m_3071693547520408192gmail-il" style="font-weight:400"><span class="gmail-m_-8540033206273020879gmail-m_-3723170228854223066m_6264176026242749646gmail-m_-1990911872965724707gmail-m_-648026695923463142gmail-m_9092035972284487620gmail-m_3787129533418353062m_8623545428725725323gmail-m_2873882304663502708gmail-m_-3789046984517165451gmail-m_6280573200025755333gmail-m_5159318120685850543gmail-m_1790959466673216095gmail-m_-5333227643664982572m_2625127627517695854m_2683896348608817813gmail-m_7672563966056633266gmail-m_-6461243813863673855gmail-m_-742000311328020925gmail-m_7559459027998801583gmail-m_4801029585485711767gmail-m_8517121454174849988gmail-m_-6691959996525573090gmail-m_1517372298344856049gmail-m_491069367152086750gmail-m_-8327640324523575189gmail-m_2420618808463760418gmail-m_7960197898027616883gmail-m_8692226636264124041gmail-m_2794822896869921223gmail-m_7508998950622620526gmail-m_-7153355664495542534gmail-il"><span class="gmail-m_-8540033206273020879gmail-m_-3723170228854223066m_6264176026242749646gmail-m_-1990911872965724707gmail-m_-648026695923463142gmail-m_9092035972284487620gmail-m_3787129533418353062m_8623545428725725323gmail-m_2873882304663502708gmail-m_-3789046984517165451gmail-m_6280573200025755333gmail-m_5159318120685850543gmail-m_1790959466673216095gmail-m_-5333227643664982572m_2625127627517695854m_2683896348608817813gmail-m_7672563966056633266gmail-m_-6461243813863673855gmail-m_-742000311328020925gmail-m_7559459027998801583gmail-m_4801029585485711767gmail-il">TTIC</span></span></span><span style="font-weight:400">, 6045 S Kenwood Avenue, 5th Floor, Room 526</span></font></div><div style="white-space:normal"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><span style="white-space:normal;font-weight:bold;color:rgb(0,0,0)">Who:</span><span style="white-space:normal;color:rgb(0,0,0)">       </span><font color="#000000">Kristoffer Sahlin, Pennsylvania State University</font><span style="white-space:pre-wrap"> 
</span></font></span></div><div style="line-height:1.38;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt"><span style="font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap"><b><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></b></span></div><div style="line-height:1.38;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt"><span style="font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><b>Title:</b>       Accelerating biological discovery with scalable and accurate algorithms</font></span></div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font><div style="line-height:1.38;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt"><span style="font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap"><b><font face="arial, helvetica, sans-serif">Abstract:</font></b></span></div><div style="line-height:1.38;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt"><span style="font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap"><font face="arial, helvetica, sans-serif">In our cells, DNA and RNA holds information to answer questions about our evolution, diseases, and traits. We are now able to assay this sequence information at large scale using various high throughput sequencing techniques. The rapid advances in sequencing technologies are allowing molecular biologists to answer yet more complex questions about the information encoded in our cells. However, these technological advances require parallel advances in bioinformatic algorithms. Today, the lack of fast and accurate tools is the bottleneck that stands between raw data and biological discovery. Two ways to reduce the time spent on going from data to answers are to improve runtime or accuracy of bioinformatic algorithms, both of which are best solved through algorithmic design. In this talk, I will outline some of the common bioinformatic problems encountered in biological projects concerned with genome and transcriptome sequence analysis, and I will present my research on algorithms to reduce the computational bottleneck. I will first discuss how a simple model that I designed bridged the gap between speed and accuracy in algorithms for genomic problems such as genome assembly and structural variation detection. I will then continue to describe my recent and ongoing work on transcriptomics, focusing on reconstructing transcripts from long and noisy reads.</font></span></div><div style="line-height:1.38;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt"><span style="font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></span></div><div style="line-height:1.38;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt"><span style="font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Host:<a href="mailto:j3xu@ttic.edu" target="_blank"> Jinbo Xu</a></font></span></div><div style="font-size:small;line-height:1.38;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt"><span style="font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap;font-size:11px"><font face="Arial"><br></font></span></div><div style="font-size:small;line-height:1.38;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt"><span style="font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap;font-size:11px"><font face="Arial"><br></font></span></div><div style="font-size:small;line-height:1.38;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt"><span style="font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap;font-size:11px"><font face="Arial"><br></font></span></div><div style="font-size:small;line-height:1.38;margin-top:0pt;margin-bottom:0pt"><span style="font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;vertical-align:baseline;white-space:pre-wrap;font-size:11px"><font face="Arial"><br></font></span></div></div><div><div dir="ltr" class="gmail-m_-8540033206273020879gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Mary C. Marre</font><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Administrative Assistant</font></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6"><b>Toyota Technological Institute</b></font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">6045 S. Kenwood Avenue</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">Room 517</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">Chicago, IL  60637</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif">p:(773) 834-1757</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif">f: (773) 357-6970</font></i></div><div><b><i><a href="mailto:mmarre@ttic.edu" target="_blank"><font face="arial, helvetica, sans-serif">mmarre@ttic.edu</font></a></i></b></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</blockquote></div></div>