
<html>

<head>

<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-7">

<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>

</head>

<body dir="ltr">

<div style="font-family: Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 11pt; color: rgb(0, 0, 0);" class="elementToProof">

</div>

<div>

<div id="Signature">

<div>

<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:12pt; color:rgb(0,0,0)">

<span style="caret-color:rgb(0, 0, 0);font-family:Helvetica;font-size:12px">This is an announcement of Austin Clyde's Candidacy Exam.</span>

<div style="caret-color:rgb(0, 0, 0);font-family:Helvetica;font-size:12px">===============================================</div>

<div style="caret-color:rgb(0, 0, 0);font-family:Helvetica;font-size:12px">Candidate: Austin Clyde</div>

<div style="caret-color:rgb(0, 0, 0);font-family:Helvetica;font-size:12px"><br>

</div>

<div style="caret-color:rgb(0, 0, 0);font-family:Helvetica;font-size:12px">Date: Monday, August 22, 2022</div>

<div style="caret-color:rgb(0, 0, 0);font-family:Helvetica;font-size:12px"><br>

</div>

<div style="caret-color:rgb(0, 0, 0);font-family:Helvetica;font-size:12px">Time:  1 pm CST</div>

<div style="caret-color:rgb(0, 0, 0);font-family:Helvetica;font-size:12px"><br>

</div>

<div style="caret-color:rgb(0, 0, 0);font-family:Helvetica;font-size:12px">Location: JCL 298</div>

<div style="caret-color:rgb(0, 0, 0);font-family:Helvetica;font-size:12px"><br>

</div>

<div style="caret-color:rgb(0, 0, 0);font-family:Helvetica;font-size:12px">Title: Artificial Intelligence and High-Performance Computing for Accelerating Structure-Based Drug Discovery</div>

<div style="caret-color:rgb(0, 0, 0);font-family:Helvetica;font-size:12px"><br>

</div>

<div style="caret-color:rgb(0, 0, 0);font-family:Helvetica;font-size:12px">Abstract: Traditional techniques for discovering novel drugs are too slow for 21st challenges, from precision oncology to emerging global pandemics. The COVID-19 Pandemic demonstrated

 the unequivocal need for rapidly deployable drug discovery capabilities as a matter of national biopreparedness and biosecurity. The challenge is, though, that drug discovery is an immense and complex interdisciplinary field drawing from cheminformatics, bioinformatics,

 biophysics, machine learning, and high-performance computing among others. To accelerate the screening process of new molecules, researchers are applying developments from artificial intelligence (AI) to the problem; however, the direct application of traditional

 AI methods overlooks the essential complexities of drug discovery, ranging from protein-conformation flexibility to unique statistical properties of virtual ligand screening. This dissertation presents a unique approach to AI for drug discovery based on tightly

 integrating insights from biochemistry and biophysics, driving a more accurate and more interpretable drug discovery system, all while leveraging the same accelerating advances from AI. These cross-cutting contributions from AI and HPC workflows illustrate

 orders of magnitude speedup for computational virtual drug screening, novel workflow designs for high-fidelity screening pipelines which are more accurate than traditional docking, new sampling strategies for exploring novel chemotypes, and complementary workflow

 analysis techniques which directly links actionable and interpretable goals (such as the design of drugs) with quantitative cost functions. These methodological developments are realized in a case study discovering and validating a novel SARS-CoV-2 3CL-Main

 Protease inhibitor with a Ki of 2.9 閵 (95% CI 2.2, 4.0).</div>

<div style="caret-color:rgb(0, 0, 0);font-family:Helvetica;font-size:12px"><br>

</div>

<div style="caret-color:rgb(0, 0, 0);font-family:Helvetica;font-size:12px">Advisors: Rick Stevens</div>

<div style="caret-color:rgb(0, 0, 0);font-family:Helvetica;font-size:12px"><br>

</div>

</div>

<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:12pt; color:rgb(0,0,0)">

<span style="caret-color:rgb(0, 0, 0);font-family:Helvetica;font-size:12px">Committee: <span style="color:rgb(60, 64, 67);font-family:Roboto, Arial, sans-serif;font-size:14px;letter-spacing:0.20000000298023224px;background-color:rgb(255, 255, 255)">Rick Stevens,

 Eric Jonas, and Arvind Ramanathan</span></span><br>

</div>

<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif; font-size:12pt; color:rgb(0,0,0)">

</div>

</div>

</div>

</div>

</body>

</html>