<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-size:small"><div class="gmail_default"><p style="font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;font-stretch:normal;line-height:normal;margin:0px"><font face="arial, sans-serif" color="#000000"><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit"><b>When:</b>    </font></font><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit">  Wednesday, March 4th at 11:00 am</font></font><br></font></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;line-height:normal;background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial"><font face="arial, sans-serif" color="#000000"> </font></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;line-height:normal;background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial"><font face="arial, sans-serif" color="#000000"><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit"><b>Where:</b>     </font></font><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit">TTIC, 6045 S. Kenwood Avenue, 5th Floor, Room 526</font></font></font></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;line-height:normal;background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial"><font face="arial, sans-serif" color="#000000"> </font></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;text-align:justify;line-height:normal;background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial"><font face="arial, sans-serif" color="#000000"><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit"><b>Who: </b>       Chirag Jain, NIH/NHGRI</font></font></font></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;text-align:justify;line-height:normal;background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial"><font face="arial, sans-serif" color="#000000">  </font></p></div><div class="gmail_default"><font face="arial, sans-serif" color="#000000"><br></font></div><div class="gmail_default"><div class="gmail_default"><font face="arial, sans-serif" color="#000000"><b>Title:     </b><b>   </b><span style="letter-spacing:0.2px;white-space:pre-wrap">Scalable Algorithms for Rapidly Advancing DNA Sequencing Technologies</span></font></div><div class="gmail_default"><b><font face="arial, sans-serif" color="#000000"><br></font></b></div><div class="gmail_default"><font face="arial, sans-serif" color="#000000"><b>Abstract:  </b><span style="letter-spacing:0.2px;white-space:pre-wrap">Genomics continues to have an immense impact in life sciences, from elucidating fundamental genetic mechanisms to providing new keys to understand diseases. Catalyzed by breakthroughs in genomic technologies,high-throughput DNA sequencing has become a major generator of data, catching up with the most prominent big-data applications such as astronomy and social media. As a result, it has become challenging to design scalable bioinformatics algorithms with suitable accuracy guarantees.</span></font></div><p style="letter-spacing:0.2px;white-space:pre-wrap"><font face="arial, sans-serif" color="#000000"><span style="letter-spacing:0.2px">In the first part of my talk, I will formulate the </span>problem of<span style="letter-spacing:0.2px"> aligning a biological sequence to a ‘pan-genome’ graph. The </span>graph-based representation<span style="letter-spacing:0.2px"> has been touted as the new standard for human genome reference,as it can succinctly capture human genetic variation across the globe. I </span>will present<span style="letter-spacing:0.2px"> new complexity results and algorithms for computing an optimal </span>sequence alignment<span style="letter-spacing:0.2px"> using such graphs. In the second part, I will present an </span>approximate sketch-based<span style="letter-spacing:0.2px"> algorithm for mapping long noisy sequences. The proposed </span>algorithm is<span style="letter-spacing:0.2px"> able to map sequences to the entire NCBI genome database (totaling ~1 Tbp) for the first time, enabling real-time genomic analysis. I will also </span>discuss generalization<span style="letter-spacing:0.2px"> of the proposed algorithms to a wider set of problems, and </span>their impact<span style="letter-spacing:0.2px"> in tackling long-standing biological questions.</span></font></p><p style="letter-spacing:0.2px;white-space:pre-wrap"><font face="arial, sans-serif" color="#000000"><b style="letter-spacing:0.2px">Bio: </b><span style="letter-spacing:0.2px">Dr. Jain is currently a postdoctoral fellow with Dr. Adam Phillippy in the Genome Informatics Section at the National Institutes ofHealth (NIH), USA. He got his doctorate in Computational Science at Georgia Tech under the supervision of Prof. Srinivas Aluru, and bachelors in Computer Science from IIT Delhi.  He is </span>a recipient<span style="letter-spacing:0.2px"> of the Best GPU Paper Award at IEEE HiPC’14, Best Poster awards at RECOMB’19, CRIDC’19, IITD-Open House’14, and Reproducibility-Initiative Award at ACM </span>Supercomputing'16<span style="letter-spacing:0.2px">.</span></font></p></div><div class="gmail_default"><div class="gmail_default"><font face="arial, sans-serif" color="#000000"><br></font></div><div class="gmail_default"><font face="arial, sans-serif" color="#000000"><b>Host:  </b><a href="mailto:j3xu@ttic.edu" target="_blank">Jinbo Xu</a></font></div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default"><br></div><div class="gmail_default"><br></div></div></div><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Mary C. Marre</font><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Faculty Administrative Support</font></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6"><b>Toyota Technological Institute</b></font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">6045 S. Kenwood Avenue</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">Room 517</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">Chicago, IL  60637</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif">p:(773) 834-1757</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif">f: (773) 357-6970</font></i></div><div><b><i><a href="mailto:mmarre@ttic.edu" target="_blank"><font face="arial, helvetica, sans-serif">mmarre@ttic.edu</font></a></i></b></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Feb 27, 2020 at 11:54 AM Mary Marre <<a href="mailto:mmarre@ttic.edu">mmarre@ttic.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><p style="font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;font-stretch:normal;line-height:normal;margin:0px"><font face="arial, sans-serif" color="#000000"><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit"><b>When:</b>    </font></font><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit">  Wednesday, March 4th at 11:00 am</font></font><br></font></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;line-height:normal;background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial"><font face="arial, sans-serif" color="#000000"> </font></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;line-height:normal;background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial"><font face="arial, sans-serif" color="#000000"><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit"><b>Where:</b>     </font></font><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit">TTIC, 6045 S. Kenwood Avenue, 5th Floor, Room 526</font></font></font></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;line-height:normal;background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial"><font face="arial, sans-serif" color="#000000"> </font></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;text-align:justify;line-height:normal;background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial"><font face="arial, sans-serif" color="#000000"><font style="vertical-align:inherit"><font style="vertical-align:inherit"><b>Who: </b>       Chirag Jain, NIH/NHGRI</font></font></font></p><p class="MsoNormal" style="margin:0in 0in 0.0001pt;text-align:justify;line-height:normal;background-image:initial;background-position:initial;background-size:initial;background-repeat:initial;background-origin:initial;background-clip:initial"><font face="arial, sans-serif" color="#000000">  </font></p></div><div><font face="arial, sans-serif" color="#000000"><br></font></div><div><div><font face="arial, sans-serif" color="#000000"><b>Title:     </b><b>   </b><span style="letter-spacing:0.2px;white-space:pre-wrap">Scalable Algorithms for Rapidly Advancing DNA Sequencing Technologies</span></font></div><div><b><font face="arial, sans-serif" color="#000000"><br></font></b></div><div><font face="arial, sans-serif" color="#000000"><b>Abstract:  </b><span style="letter-spacing:0.2px;white-space:pre-wrap">Genomics continues to have an immense impact in life sciences, from elucidating fundamental genetic mechanisms to providing new keys to understand diseases. Catalyzed by breakthroughs in genomic technologies,high-throughput DNA sequencing has become a major generator of data, catching up with the most prominent big-data applications such as astronomy and social media. As a result, it has become challenging to design scalable bioinformatics algorithms with suitable accuracy guarantees.</span></font></div><p style="letter-spacing:0.2px;white-space:pre-wrap"><font face="arial, sans-serif" color="#000000"><span style="letter-spacing:0.2px">In the first part of my talk, I will formulate the </span>problem of<span style="letter-spacing:0.2px"> aligning a biological sequence to a ‘pan-genome’ graph. The </span>graph-based representation<span style="letter-spacing:0.2px"> has been touted as the new standard for human genome reference,as it can succinctly capture human genetic variation across the globe. I </span>will present<span style="letter-spacing:0.2px"> new complexity results and algorithms for computing an optimal </span>sequence alignment<span style="letter-spacing:0.2px"> using such graphs. In the second part, I will present an </span>approximate sketch-based<span style="letter-spacing:0.2px"> algorithm for mapping long noisy sequences. The proposed </span>algorithm is<span style="letter-spacing:0.2px"> able to map sequences to the entire NCBI genome database (totaling ~1 Tbp) for the first time, enabling real-time genomic analysis. I will also </span>discuss generalization<span style="letter-spacing:0.2px"> of the proposed algorithms to a wider set of problems, and </span>their impact<span style="letter-spacing:0.2px"> in tackling long-standing biological questions.</span></font></p><p style="letter-spacing:0.2px;white-space:pre-wrap"><font face="arial, sans-serif" color="#000000"><b style="letter-spacing:0.2px">Bio: </b><span style="letter-spacing:0.2px">Dr. Jain is currently a postdoctoral fellow with Dr. Adam Phillippy in the Genome Informatics Section at the National Institutes ofHealth (NIH), USA. He got his doctorate in Computational Science at Georgia Tech under the supervision of Prof. Srinivas Aluru, and bachelors in Computer Science from IIT Delhi.  He is </span>a recipient<span style="letter-spacing:0.2px"> of the Best GPU Paper Award at IEEE HiPC’14, Best Poster awards at RECOMB’19, CRIDC’19, IITD-Open House’14, and Reproducibility-Initiative Award at ACM </span>Supercomputing'16<span style="letter-spacing:0.2px">.</span></font></p></div><div><div><font face="arial, sans-serif" color="#000000"><br></font></div><div><font face="arial, sans-serif" color="#000000"><b>Host:  </b><a href="mailto:j3xu@ttic.edu" target="_blank">Jinbo Xu</a></font></div><div><br></div><div style="font-size:small"><br></div><div style="font-size:small"><br></div></div></div><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Mary C. Marre</font><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Faculty Administrative Support</font></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6"><b>Toyota Technological Institute</b></font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">6045 S. Kenwood Avenue</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">Room 517</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">Chicago, IL  60637</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif">p:(773) 834-1757</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif">f: (773) 357-6970</font></i></div><div><b><i><a href="mailto:mmarre@ttic.edu" target="_blank"><font face="arial, helvetica, sans-serif">mmarre@ttic.edu</font></a></i></b></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</blockquote></div></div>