<div dir="ltr"><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;font-size:12.8px;line-height:normal"><span style="font-size:12.8px"><font face="arial, helvetica, sans-serif">When:     <span class="gmail-m_-9149867449940684394gmail-m_-2475804285784780919gmail-m_-7164114494009287624gmail-m_-7229391482845024438gmail-m_7776827232588711945gmail-m_-3320638437953326758gmail-m_3990498715904616980gmail-il">Friday</span>, April 7th at noon</font></span></p><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;font-size:12.8px;line-height:normal"><font face="arial, helvetica, sans-serif"> </font></p><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;font-size:12.8px;line-height:normal"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Where:    TTIC, 6045 S Kenwood Avenue, 5th Floor, Room 526</font></p><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;font-size:12.8px;line-height:normal"><font face="arial, helvetica, sans-serif"> </font></p><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;font-size:12.8px;line-height:normal"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Who:       Hammad Naveed; TTIC</font></p><div style="font-size:12.8px"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><p class="gmail-m_-9149867449940684394gmail-m_16524195393514831gmail-MsoTitle" style="font-size:12.8px"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><span style="font-size:12.8px">Title: Computational algorithms to model protein-drug interactions and 3d structures of proteins</span><br></font></p><p class="MsoNormal" style="font-size:12.8px;text-align:justify"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Abstract: <br>The promiscuity of drugs towards protein binding sites and vice versa hinders our understanding of the metabolism of healthy and diseased states. The identification of all protein targets is therefore important to understand a drug’s (side) effects, to reuse and to combine existing drugs. Current FDA approved kinase inhibitors have significant side-effects, many of which might be due to the off-targets of these drugs. I will present a novel computational approach for large-scale discovery of new targets for existing drugs. For a given drug, I construct the 3D signature of drug binding sites that captures its promiscuous structural features. I am able to predict the interaction of six FDA approved kinase inhibitors with its known targets with a sensitivity of 50% and specificity of 56%. 4 out of the 5 top predicted targets for Sorafenib were shown to interact with it using <i>in vitro</i> experiments. This method is broadly applicable for the prediction of protein-drug interactions with several novel applications to biological research and drug development.</font></p><p class="gmail-m_-9149867449940684394gmail-m_16524195393514831gmail-MsoTitle" style="font-size:12.8px"></p><p class="MsoNormal" style="font-size:12.8px;text-align:justify"><font face="arial, helvetica, sans-serif">I will also briefly mention my work on computational characterization and 3D structure prediction of beta-barrel membrane proteins and its implications for nanopore design.</font></p><div style="font-size:12.8px"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div style="font-size:12.8px"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div style="font-size:12.8px"><div style="font-size:12.8px"><div class="gmail_default" style="font-size:12.8px"><b><font face="arial, helvetica, sans-serif">******************************<wbr>******************************<wbr>**************************</font></b></div><div class="gmail_default" style="font-size:12.8px"><b><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></b></div><div class="gmail_default" style="font-size:12.8px"><b><font face="arial, helvetica, sans-serif"><span class="gmail-m_-9149867449940684394gmail-il">Research</span> at <span class="gmail-m_-9149867449940684394gmail-il">TTIC</span> Seminar Series</font></b></div><div class="gmail_default" style="font-size:12.8px"><font face="arial, helvetica, sans-serif"> </font></div><div class="gmail_default" style="font-size:12.8px"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><span class="gmail-m_-9149867449940684394gmail-il">TTIC</span> is hosting a weekly seminar series presenting the <span class="gmail-m_-9149867449940684394gmail-il">research</span> currently underway at the Institute. Every week a different <span class="gmail-m_-9149867449940684394gmail-il">TTIC</span> faculty member will present their <span class="gmail-m_-9149867449940684394gmail-il">research</span>.  The lectures are intended both for students seeking <span class="gmail-m_-9149867449940684394gmail-il">research</span> topics and adviser, and for the general <span class="gmail-m_-9149867449940684394gmail-il">TTIC</span> and University of Chicago communities interested in hearing what their colleagues are up to.   </font></div><div class="gmail_default" style="font-size:12.8px"><font face="arial, helvetica, sans-serif"> </font></div><div class="gmail_default" style="font-size:12.8px"><font face="arial, helvetica, sans-serif">To receive announcements about the seminar series, please subscribe to the mailing list: <a href="https://groups.google.com/a/ttic.edu/group/talks/subscribe" target="_blank">https://groups.google.co<wbr>m/a/<span class="gmail-m_-9149867449940684394gmail-il">ttic</span>.edu/group/<span class="gmail-m_-9149867449940684394gmail-m_-145227099154046382gmail-m_-7164114494009287624gmail-m_-7229391482845024438gmail-m_7776827232588711945gmail-m_-3320638437953326758gmail-m_3990498715904616980gmail-m_-8247393949946928606gmail-m_-8480526344443392316gmail-m_-1056553444316568634gmail-m_593248408351034154gmail-m_8873931552348078312gmail-m_-3900280345830708483gmail-m_2412953322955092339gmail-m_-3568727914368024249gmail-m_-7538648194147727859gmail-il"><span class="gmail-m_-9149867449940684394gmail-m_-145227099154046382gmail-m_-7164114494009287624gmail-m_-7229391482845024438gmail-m_7776827232588711945gmail-m_-3320638437953326758gmail-m_3990498715904616980gmail-m_-8247393949946928606gmail-m_-8480526344443392316gmail-m_-1056553444316568634gmail-m_593248408351034154gmail-m_8873931552348078312gmail-m_-3900280345830708483gmail-m_2412953322955092339gmail-m_-3568727914368024249gmail-il"><span class="gmail-m_-9149867449940684394gmail-m_-145227099154046382gmail-m_-7164114494009287624gmail-m_-7229391482845024438gmail-m_7776827232588711945gmail-m_-3320638437953326758gmail-m_3990498715904616980gmail-il"><span class="gmail-m_-9149867449940684394gmail-m_-145227099154046382gmail-m_-7164114494009287624gmail-il">talks</span></span></span></span>/subsc<wbr>ribe</a></font></div><div class="gmail_default" style="font-size:12.8px"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default" style="font-size:12.8px"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Speaker details can be found at: <a href="http://www.ttic.edu/tticseminar.php" target="_blank">http://www.<span class="gmail-m_-9149867449940684394gmail-il">ttic</span>.edu/tticse<wbr>minar.php</a>.</font></div><div class="gmail_default" style="font-size:12.8px"><font face="arial, helvetica, sans-serif"> </font></div><div class="gmail_default" style="font-size:12.8px"><font face="arial, helvetica, sans-serif">For additional questions, please contact Nathan Srebro at <a href="mailto:mcallester@ttic.edu" target="_blank">nati@<span class="gmail-m_-9149867449940684394gmail-il">ttic</span>.edu</a> </font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div></div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Mary C. Marre</font><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Administrative Assistant</font></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6"><b>Toyota Technological Institute</b></font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">6045 S. Kenwood Avenue</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">Room 504</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">Chicago, IL  60637</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif">p:(773) 834-1757</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif">f: (773) 357-6970</font></i></div><div><b><i><a href="mailto:mmarre@ttic.edu" target="_blank"><font face="arial, helvetica, sans-serif">mmarre@ttic.edu</font></a></i></b></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Fri, Mar 31, 2017 at 10:29 AM, Mary Marre <span dir="ltr"><<a href="mailto:mmarre@ttic.edu" target="_blank">mmarre@ttic.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;line-height:normal"><span style="font-size:12.8px"><font face="arial, helvetica, sans-serif">When:     <span class="m_-9149867449940684394gmail-m_-2475804285784780919gmail-m_-7164114494009287624gmail-m_-7229391482845024438gmail-m_7776827232588711945gmail-m_-3320638437953326758gmail-m_3990498715904616980gmail-il">Friday</span>, April 7th at noon</font></span></p><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;font-size:12.8px;line-height:normal"><font face="arial, helvetica, sans-serif"> </font></p><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;font-size:12.8px;line-height:normal"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Where:    TTIC, 6045 S Kenwood Avenue, 5th Floor, Room 526</font></p><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;font-size:12.8px;line-height:normal"><font face="arial, helvetica, sans-serif"> </font></p><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;font-size:12.8px;line-height:normal"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Who:       Hammad Naveed; TTIC</font></p><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><p class="m_-9149867449940684394gmail-m_16524195393514831gmail-MsoTitle" style="font-size:12.8px"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><span style="font-size:12.8px">Title: Computational algorithms to model protein-drug interactions and 3d structures of proteins</span><br></font></p><p class="MsoNormal" style="font-size:12.8px;text-align:justify"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Abstract: <br>The promiscuity of drugs towards protein binding sites and vice versa hinders our understanding of the metabolism of healthy and diseased states. The identification of all protein targets is therefore important to understand a drug’s (side) effects, to reuse and to combine existing drugs. Current FDA approved kinase inhibitors have significant side-effects, many of which might be due to the off-targets of these drugs. I will present a novel computational approach for large-scale discovery of new targets for existing drugs. For a given drug, I construct the 3D signature of drug binding sites that captures its promiscuous structural features. I am able to predict the interaction of six FDA approved kinase inhibitors with its known targets with a sensitivity of 50% and specificity of 56%. 4 out of the 5 top predicted targets for Sorafenib were shown to interact with it using <i>in vitro</i> experiments. This method is broadly applicable for the prediction of protein-drug interactions with several novel applications to biological research and drug development.</font></p><p class="m_-9149867449940684394gmail-m_16524195393514831gmail-MsoTitle" style="font-size:12.8px"></p><p class="MsoNormal" style="font-size:12.8px;text-align:justify"><font face="arial, helvetica, sans-serif">I will also briefly mention my work on computational characterization and 3D structure prediction of beta-barrel membrane proteins and its implications for nanopore design.</font></p><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><div style="font-size:12.8px"><div style="font-size:12.8px"><b><font face="arial, helvetica, sans-serif">******************************<wbr>******************************<wbr>**************************</font></b></div><div style="font-size:12.8px"><b><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></b></div><div style="font-size:12.8px"><b><font face="arial, helvetica, sans-serif"><span class="m_-9149867449940684394gmail-il">Research</span> at <span class="m_-9149867449940684394gmail-il">TTIC</span> Seminar Series</font></b></div><div style="font-size:12.8px"><font face="arial, helvetica, sans-serif"> </font></div><div style="font-size:12.8px"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><span class="m_-9149867449940684394gmail-il">TTIC</span> is hosting a weekly seminar series presenting the <span class="m_-9149867449940684394gmail-il">research</span> currently underway at the Institute. Every week a different <span class="m_-9149867449940684394gmail-il">TTIC</span> faculty member will present their <span class="m_-9149867449940684394gmail-il">research</span>.  The lectures are intended both for students seeking <span class="m_-9149867449940684394gmail-il">research</span> topics and adviser, and for the general <span class="m_-9149867449940684394gmail-il">TTIC</span> and University of Chicago communities interested in hearing what their colleagues are up to.   </font></div><div style="font-size:12.8px"><font face="arial, helvetica, sans-serif"> </font></div><div style="font-size:12.8px"><font face="arial, helvetica, sans-serif">To receive announcements about the seminar series, please subscribe to the mailing list: <a href="https://groups.google.com/a/ttic.edu/group/talks/subscribe" target="_blank">https://groups.google.co<wbr>m/a/<span class="m_-9149867449940684394gmail-il">ttic</span>.edu/group/<span class="m_-9149867449940684394gmail-m_-145227099154046382gmail-m_-7164114494009287624gmail-m_-7229391482845024438gmail-m_7776827232588711945gmail-m_-3320638437953326758gmail-m_3990498715904616980gmail-m_-8247393949946928606gmail-m_-8480526344443392316gmail-m_-1056553444316568634gmail-m_593248408351034154gmail-m_8873931552348078312gmail-m_-3900280345830708483gmail-m_2412953322955092339gmail-m_-3568727914368024249gmail-m_-7538648194147727859gmail-il"><span class="m_-9149867449940684394gmail-m_-145227099154046382gmail-m_-7164114494009287624gmail-m_-7229391482845024438gmail-m_7776827232588711945gmail-m_-3320638437953326758gmail-m_3990498715904616980gmail-m_-8247393949946928606gmail-m_-8480526344443392316gmail-m_-1056553444316568634gmail-m_593248408351034154gmail-m_8873931552348078312gmail-m_-3900280345830708483gmail-m_2412953322955092339gmail-m_-3568727914368024249gmail-il"><span class="m_-9149867449940684394gmail-m_-145227099154046382gmail-m_-7164114494009287624gmail-m_-7229391482845024438gmail-m_7776827232588711945gmail-m_-3320638437953326758gmail-m_3990498715904616980gmail-il"><span class="m_-9149867449940684394gmail-m_-145227099154046382gmail-m_-7164114494009287624gmail-il">talks</span></span></span></span>/subsc<wbr>ribe</a></font></div><div style="font-size:12.8px"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div style="font-size:12.8px"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Speaker details can be found at: <a href="http://www.ttic.edu/tticseminar.php" target="_blank">http://www.<span class="m_-9149867449940684394gmail-il">ttic</span>.edu/tticse<wbr>minar.php</a>.</font></div><div style="font-size:12.8px"><font face="arial, helvetica, sans-serif"> </font></div><div style="font-size:12.8px"><font face="arial, helvetica, sans-serif">For additional questions, please contact Nathan Srebro at <a href="mailto:mcallester@ttic.edu" target="_blank">nati@<span class="m_-9149867449940684394gmail-il">ttic</span>.edu</a> </font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div></div></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div><div><div class="m_-9149867449940684394gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Mary C. Marre</font><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Administrative Assistant</font></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6"><b>Toyota Technological Institute</b></font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">6045 S. Kenwood Avenue</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">Room 504</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">Chicago, IL  60637</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif">p:<a href="tel:(773)%20834-1757" value="+17738341757" target="_blank">(773) 834-1757</a></font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif">f: <a href="tel:(773)%20357-6970" value="+17733576970" target="_blank">(773) 357-6970</a></font></i></div><div><b><i><a href="mailto:mmarre@ttic.edu" target="_blank"><font face="arial, helvetica, sans-serif">mmarre@ttic.edu</font></a></i></b></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div>
</blockquote></div><br></div></div>