<div dir="ltr"><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;font-size:12.8px;line-height:normal">When:     <span class="gmail-m_-2510718269459749973gmail-m_-2700415185665105741gmail-m_7776827232588711945gmail-m_-3320638437953326758gmail-m_3990498715904616980gmail-il">Friday</span>, January 20th at noon </p><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;font-size:12.8px;line-height:normal"> </p><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;font-size:12.8px;line-height:normal">Where:    TTIC, 6045 S Kenwood Avenue, 5th Floor, Room 526</p><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;font-size:12.8px;line-height:normal"> </p><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;font-size:12.8px;line-height:normal">Who:       Mark Hallen; TTIC</p><p class="MsoNormal" style="margin-bottom:0.0001pt;font-size:12.8px;line-height:normal"><br></p><div style="font-size:12.8px">Title:       CATS (Coordinates of Atoms by Taylor Series): A Powerful New Model of Backbone Flexibility for Protein Design</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">Abstract:</div><div style="font-size:12.8px"><span style="font-size:12.8px">Computational protein design algorithms search for modifications in protein systems that will optimize a desired function.  Usually, this function involves chemical binding of a protein to another protein or to a drug.  Binding is exquisitely sensitive to the 3-D geometry adopted by the system, with low-energy geometries preferred, so to optimize binding we must be able to optimize energy with respect to molecular geometry. The hardest part of molecular geometry to model has generally been the protein backbone, because we often seek significant local perturbations that do not disturb the rest of the protein structure, and this leads to a set of equality constraints that is difficult for previous algorithms to handle.   </span><br></div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px">In this talk, I will first describe the paradigm for protein design used in the OSPREY software package, in which we first build a model of protein flexibility based on assigning allowed ranges to each internal coordinate, and then optimize an approximation of the energy over that space with provable guarantees of accuracy.  I will then describe how CATS builds on this model, preserving its benefits while searching a much more realistic space of backbone geometries.  By describing the backbone geometry with a new set of internal coordinates, CATS allows the efficient energy optimization methods in OSPREY to handle significant local perturbations without disturbing the rest of the protein.  </div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px"><div style="font-size:12.8px">******************************<wbr>******************************<wbr>******************************<wbr>**********************</div><div style="font-size:12.8px"><br></div><div style="font-size:12.8px"><div class="gmail_default" style="font-size:12.8px"><b><font face="arial, helvetica, sans-serif">Research at TTIC Seminar Series</font></b></div><div class="gmail_default" style="font-size:12.8px"><font face="arial, helvetica, sans-serif"> </font></div><div class="gmail_default" style="font-size:12.8px"><font face="arial, helvetica, sans-serif">TTIC is hosting a weekly seminar series presenting the research currently underway at the Institute. Every week a different TTIC faculty member will present their research.  The lectures are intended both for students seeking research topics and adviser, and for the general TTIC and University of Chicago communities interested in hearing what their colleagues are up to.   </font></div><div class="gmail_default" style="font-size:12.8px"><font face="arial, helvetica, sans-serif"> </font></div><div class="gmail_default" style="font-size:12.8px"><font face="arial, helvetica, sans-serif">To receive announcements about the seminar series, please subscribe to the mailing list: <a href="https://groups.google.com/a/ttic.edu/group/talks/subscribe" target="_blank">https://groups.google.co<wbr>m/a/ttic.edu/group/<span class="gmail-m_-2510718269459749973gmail-m_-2700415185665105741gmail-m_7776827232588711945gmail-m_-3320638437953326758gmail-m_3990498715904616980gmail-m_-8247393949946928606gmail-m_-8480526344443392316gmail-m_-1056553444316568634gmail-m_593248408351034154gmail-m_8873931552348078312gmail-m_-3900280345830708483gmail-m_2412953322955092339gmail-m_-3568727914368024249gmail-m_-7538648194147727859gmail-il"><span class="gmail-m_-2510718269459749973gmail-m_-2700415185665105741gmail-m_7776827232588711945gmail-m_-3320638437953326758gmail-m_3990498715904616980gmail-m_-8247393949946928606gmail-m_-8480526344443392316gmail-m_-1056553444316568634gmail-m_593248408351034154gmail-m_8873931552348078312gmail-m_-3900280345830708483gmail-m_2412953322955092339gmail-m_-3568727914368024249gmail-il"><span class="gmail-m_-2510718269459749973gmail-m_-2700415185665105741gmail-m_7776827232588711945gmail-m_-3320638437953326758gmail-m_3990498715904616980gmail-il">talks</span></span></span>/subsc<wbr>ribe</a></font></div><div class="gmail_default" style="font-size:12.8px"><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div class="gmail_default" style="font-size:12.8px"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Speaker details can be found at: <a href="http://www.ttic.edu/tticseminar.php" target="_blank">http://www.ttic.edu/tticse<wbr>minar.php</a>.</font></div><div class="gmail_default" style="font-size:12.8px"><font face="arial, helvetica, sans-serif"> </font></div><div class="gmail_default" style="font-size:12.8px"><font face="arial, helvetica, sans-serif">For additional questions, please contact Nathan Srebro at <a href="mailto:mcallester@ttic.edu" target="_blank">nati@ttic.edu</a> </font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div><div><font face="arial, helvetica, sans-serif"><br></font></div></div></div><div><div class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Mary C. Marre</font><div><font face="arial, helvetica, sans-serif">Administrative Assistant</font></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6"><b>Toyota Technological Institute</b></font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">6045 S. Kenwood Avenue</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">Room 504</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif" color="#3d85c6">Chicago, IL  60637</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif">p:(773) 834-1757</font></i></div><div><i><font face="arial, helvetica, sans-serif">f: (773) 357-6970</font></i></div><div><b><i><a href="mailto:mmarre@ttic.edu" target="_blank"><font face="arial, helvetica, sans-serif">mmarre@ttic.edu</font></a></i></b></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div>